工程中心是江苏大学内设正处级专职科研机构，实体化运行。设立了管理委员会和工程技术委员会，下设行政办公室、战略研究中心、技术转移中心、水泵技术研发部、核电泵技术研发部、新能源与环保用泵研发部、泵系统节能研发部、泵材料与先进制造研发部、泵系统智能运维技术研发部、节水灌溉技术研发部、高端海洋流体装备研发部、检测中心等。成立了江苏大学镇江流体工程装备技术研究院、流体机械温岭研究院两个独立事业法人。